Cyloni byli stvořeni lidmi. Vyvinuli se. Vzbouřili se.
40 let po první cylonské válce zničili 12 kolonií. Battlestar Galactice, která se už dostává do let, se ale společně s průvodem lodí povedlo útoku uniknout a vydat se hledat legendární vlast, třináctou kolonii, jménem Země.
Po několikaměsíčním pronásledování cylony se Battlestar Galactica a koloniální flotila pod její ochranou sjednotila s lodí Battlestar Pegasus, která přežila cylonský útok. Společně tak můžou zaútočit a zničit cylonskou Loď znovuzrození.
Ve svém hněvu nad ztrátou Lodě znovuzrození připravují Cyloni nemilosrdný protiútok na koloniální flotilu. Poslední nadějí kolonistů je nouzový skok ... ale něco nejde podle plánu. FTL-pohony obou lodí jsou kvůli masivnímu impulzu energie přetíženy. Nekontrolovatelný skok tak odkloní obě mocnosti výrazně od plánovaného kurzu.
V BGO se octla koloniální a cylonská flotila v neznámém sektoru na okraji galaxie. Obě flotily jsou těžce poškozené a oběma docházejí suroviny. V závodu s časem musejí své flotily znovu zprovoznit a získat vládu nad systémem pomocí zásob tylia, kovů a vody. Koloniální flotila hledá zoufale únikovou cestu a pokračuje v hledání Země, dokud nebudou Cyloni natolik silní, aby je nevymazali z mapy vesmíru.
